Cell | 建立人类树突管状细胞与辅助性T细胞相互作用模型

蛋白质-蛋白质相互作用所致多样，包括大量化学键与讯号移动式，教育界精研多年，仍旧是管里窥豹。来自法国巴黎PSL分析大学的Vassili Soumelis团队于在Cell华尔街日报上刊载题为A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的评论，成立了试验与原理结合的分析作法，试验上，在蛋白质素质探测了蛋白质所新陈代谢的生长因子与应激反应；原理上，成立了讯号输入控制器错综复杂的联系和相互作用相似之处。译者以全人类神经节管状蛋白质（Dendritic cell，全名DC）与辅助性T蛋白质（T Helper cell，全名Th）错综复杂的相互作用为分析对象，分析了36事例DC涉及的讯号化学键和17种Th新陈代谢的生长因子，并依靠这些原始数据成立数学数学作法，演算出56种之前被试验表明的蛋白质相互相似之处，与此同时，还推测出290种可能相似之处，并表明了IL-12p70可以通过IL-1讯号移动式可借17型辅助性T蛋白质（全名Th17）。首先，译者采集了全人类单核蛋白质来源的DC（MoDCs）和骨骼肌血液CD11c+DC（bDCs）两类蛋白质，并冲动24全程。所有别于的冲动讯号主要值得注意三大类共计14种。第一种：内源讯号化学键，以外干扰素beta（interferon β，全名IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll样蛋白的丝氨酸，以外Toll4蛋白的-HT脂多糖（ lipopolysaccharide，全名LPS），Toll1/2蛋白-HTPAM3CSK4，Dectin1-HTCurdlan，Toll2/Dectin1-HT zymosan，Toll7/8蛋白-HTR848，Toll3蛋白-HT poly(I：C) 和NLRP3瘙痒小体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，以外零下灭活的Candida albicans （全名HKCA），布鲁日菌（Listeria monocytogenes，全名HKLM），Staphylococcus aureus （全名HKSA）， Streptococcus pneumoniae （全名HKSP）和HIV（influenza virus，全名flu）。接下来，译者通过流式蛋白质术等作法，探测了36种DC涉及化学键的理解情况，其里，29种西北面蛋白质表面，7种西北面蛋白质新陈代谢上清之里。结果显示，除了一些已知的DC蛋白质叛离外，译者还有了一些原先辨认出：（1）zymosan冲动的MoDCs 理解高质量的CD54 和PVR；（2）HIV冲动的MoDCs可以可借ICOSL；（3）LPS冲动的MoDCs 可以可借高质量的CD30L和CD83。再下来，译者将这些冲动过的DC与T蛋白质共培养6天，随后探测Th的再生成本以及17种Th涉及生长因子的理解新陈代谢情况。有趣的是，译者将Th和DC的显出相互比较，辨认出，这间有不一定发挥作用双射的相似之处，也就是说，两种冲动物对DC造成的优点类似于，但是，这两种冲动物所处理的DC与T蛋白质共培养之后，造成的优点很可以截然不尽相同。接着，译者有别于生物信息学的作法，以上述试验原始数据成立数学作法。简单来说，译者示范DC控制器的36种讯号化学键和Th控制器的17种效应化学键，将两两错综复杂的相似之处重构为“持续性管控”和“对人管控”两种，并且，还投身于原始数据库和已刊载古文献里的信息，成立了多样的讯号管控网络服务。事例如，通过这一数学作法，译者辨认出， IL-10的对人管控化学键以外OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而持续性管控化学键以外Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这样，得到DC不尽相同的冲动讯号，译者就可以推断出Th叛离蛋白质IL-10的理解新陈代谢情况。终于，译者透过这样数学作法，试三幅推测并表明原先蛋白质相互相似之处。通过成立的数学作法，译者辨认出，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2合作新陈代谢时，倾向于管控IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 合作用到时，则非常倾向于管控IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的理解素质都显着减少。这些结果说明，IL-12策划Th17的可借发挥作用。为了大幅度探讨IL-12可借Th17的有助于，译者有别于游离可借Th的数学作法，辨认出，IL-12不一定能直接可借Th17，但是，同时投身于IL-1和IL-12，Th17就可借出来了。这是一篇试验与原理结合的经典之作。试验结果与计算机器学习相互支持，相互指导，紧密结合。如下三幅所示，试验一小有别于了密切相似之处两一小原始数据，一是何种冲动下DC蛋白质的叛离，二是叛离后的DC对T蛋白质的作用。原理一小以DC和T蛋白质的控制器生长因子为框架，成立了生长因子错综复杂的持续性和对人管控网络服务数学作法。通过这一数学作法，译者可验证一些原先蛋白质间相互相似之处，最终再用试验表明这些相似之处是否属实。这篇评论的令人惊叹有比邻，一是成立和试验原理结合分析的独创，二是评论里提供者的诸多蛋白质管控信息以供分析详见。原始出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.